Neben den Sommerquartieren für die Fortpflanzung der Fledermäuse sind die Winterquartiere entscheidend für den Erhalt dieser Tiere. Die wichtigsten Winterquartiere in der südlichen Frankenalb sind als FFH-Gebiete bei der EU gemeldet. Als Einzelobjekte verbleiben fünf Quartiere (2 Karsthöhlen, 1 Festungsanlage, 1 Keller und 1 Stollen). Der Schwerpunkt liegt im Landkreis Weißenburg-Gunzenhausen. Im Landkreis Neuburg-Schrobenhausen liegt als einziges europaweit bedeutendes Winterquartier der Sommerkeller in Trugenhofen, in dem neben dem Großen Mausohr noch das Langohr und andere Arten überwintern.