Das FFH Gebiet "Donau mit Jurahängen zwischen Leitheim und Neuburg" wird geprägt durch die Donau und das Mündungsgebiet des Lechs, den Donaudurchbruch zwischen Stepperg und Neuburg mit seinen Jurasteilhängen und den ehemaligen Standortübungsplatz Kreut.

Im Westen des Landkreises Neuburg-Schrobenhausen und im anschließenden Landkreis Donauries verläuft die Donau in einem Talraum, der im Norden von der Südlichen Frankenalb und im Süden durch die Aindlinger Terrassentreppe begrenzt wird. Gegen Osten verengt sich das Tal, die Donau mündet hier in den wenige 100 m breiten Donaudurchbruch.

Das "Natura 2000"-Gebiet erstreckt sich von Neuburg bis zur westlichen Landkreisgrenze. Es umfasst im Wesentlichen die Donauauen zwischen Bertoldsheim und Stepperg und den anschließenden Donaudurchbruch beim Finkenstein. Die hier sehr enge Aue wird südlich und nördlich von den Steilhängen der Frankenalb begrenzt.

Auwälder

Die europaweite Bedeutung erhielt dieses Gebiet zum einen als größter, in sich geschlossener Auwaldkomplex Bayerns mit großen Altwasser- und Aubachsystemen. Es ist eines der wenigen Gebiete an der bayerischen Donau mit hohem Grundwasserstand und häufigen Überschwemmungen. Die Auwälder im Lechmündungsgebiet sowie die Altwasser haben unter anderem eine hohe ornithologische Bedeutung für Spechte, Halsbandschnäpper, Rohrweihe und Eisvögel. Aber auch der bedrohte Kammmolch und die Gelbbauchunke sind dort noch beheimatet.

Vegetation

Zudem findet man im Durchbruchstal der Donau die Jurahänge und deren typische Vegetation, wie Magerrasen, Wachholderheiden und Felsspalten, sowie Steilhang-Leitenwälder mit Übergang in die Hartholzaue. In diesem Gebiet befindet sich auch der weltweit einzige Standort des Bayerischen Federgrases (Stipa bavarica). Als Entwicklungsziele gelten in diesem Gebiet unter anderem die Förderung der Fließgewässerdynamik in der Aue, die Strukturverbesserung der Wälder und die Vergrößerung der Weich- und Hartholzauen auf bislang intensiv landwirtschaftlich genutzten Flächen.

Die verschiedenen Lebensräume in diesem Gebiet sind natürliche, eutrophe Seen, naturnahe Kalk-Trockenrasen, feuchte Hochstaudenfluren und Auwälder, magere Flachlandmähwiesen, Kalkfelsen mit Felsspaltenvegetation und Waldmeister-Buchenwälder. Seltene Arten wie Orchideen, darunter der Frauenschuh, Winterschachtelhalm, das weltweit einzige Vorkommen des Bayerischen Federgrases, Gelbbauchunke, Kammmolch, Springfrosch, Biber, Kreuzenzian oder Ameisenbläuling sind noch immer in dieser Landschaft heimisch.