Als Organ der Gemeinde unterliegt die Bürgermeisterin/der Bürgermeister der staatlichen Aufsicht (Rechts- bzw. Fachaufsicht).
Als Beamtin/Beamter unterliegt die Bürgermeisterin/der Bürgermeister den Vorschriften des Disziplinarrechts. Sofern der hinreichende Verdacht eines Dienstvergehens besteht, ist ein Disziplinarverfahren gegen die Bürgermeisterin/den Bürgermeister einzuleiten. Dies geschieht grundsätzlich durch die Rechtsaufsichtsbehörde.
Bei kreisangehörigen Gemeinden ist daher das Landratsamt als untere staatliche Verwaltungsbehörde, bei kreisfreien Gemeinden die Regierung für die Prüfung der Frage zuständig, ob der hinreichende Verdacht eines Dienstvergehens besteht. Sie können ihre Disziplinarbefugnisse jedoch auch auf die Landesanwaltschaft Bayern übertragen, die dann anstelle der Rechtsaufsichtsbehörde tätig wird.