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Der Entschädigungsfonds ist ein staatliches Sondervermögen ohne eigene Rechtspersönlichkeit, das von der Obersten Denkmalschutzbehörde, dem Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst, verwaltet wird. Seine finanzielle Ausstattung richtet sich nach Art. 21 BayDSchG; sie wird zu gleichen Teilen vom Freistaat und den Kommunen getragen. Der Fonds dient der Befriedigung von Entschädigungsansprüchen, die aus Enteignungen (Art. 18 BayDSchG) oder sonstigen wesentlichen materiellen Einwirkungen auf das Eigentum (Art. 20 BayDSchG) entstehen, sowie der Abgeltung eines unzumutbaren Sonderopfers, das sich aus der Erhaltung eines Baudenkmals gem. Art. 4 BayDSchG ergibt.

Eine Bewilligung kann in Form von Zuschüssen und/oder in Form von zinsgünstigen bzw. zinslosen Darlehen erfolgen. Die Art (Zuschuss und/ oder Darlehen) und die konkrete Höhe ergeben sich erst aus der sog. Zumutbarkeitsprüfung. Diese wird im Rahmen des Entschädigungsfonds-Verfahrens vom Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst durchgeführt. Hierbei wird anhand der finanziellen und wirtschaftlichen Verhältnisse des Denkmaleigentümers (und ggf. seiner von der Maßnahme betroffenen Angehörigen) geprüft, inwieweit die Durchführung der Instandsetzungsmaßnahme zu einer Belastung des Denkmaleigentümers führt, die eine über den Rahmen der Sozialgebundenheit des Eigentums (Art. 14 Abs. 2 GG) hinausgehende Wirkung hätte und deshalb auszugleichen ist. Für die sog. Zumutbarkeitsprüfung sind Übersichten und Unterlagen (auch steuerlicher Art) zur jeweiligen Vermögenssituation sowie zur jeweiligen laufenden Einkommens-/Ausgabensituation vorzulegen. Geprüft wird auch, inwieweit sich eine Refinanzierung ergibt, beispielsweise im Hinblick auf künftige Nutzungsmöglichkeiten für das Baudenkmal oder im Hinblick auf künftige Minderungen der Einkommensteuer aufgrund erhöhter steuerlicher Absetzungsmöglichkeiten. Alle bei Besprechungen im Vorfeld genannten Beträge sind bis zur abschließenden Bewilligung durch das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege unverbindlich.

Bei Zuschüssen ab einer Höhe von 250.000 EUR wird als Sonderauflage festgelegt, eine notariell beurkundete, beschränkte persönliche Dienstbarkeit zum Erhalt des Denkmals im Grundbuch einzutragen (ausgenommen sind gottesdienstlich genutzte Räume). In Einzelfällen wird die Ausreichung von Mitteln aus dem Entschädigungsfonds als Sonderauflage an eine Wertausgleichsklausel im Bewilligungsbescheid geknüpft. Hiernach hat der Denkmaleigentümer im Falle eines Verkaufs des Baudenkmals innerhalb einer gesetzten Frist (i.d.R. 45 Jahre) einen angemessenen Wertausgleich an den Entschädigungsfonds zu leisten.